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1、 Marker分辨率低的主要原因?
Marker的加樣量:marker有一個推薦濃度范圍,選擇最高的,樣品與Marker含量差別大, 也會造成條帶錯誤(這不會是染料的問題,用EB也會存在該問題)。正確的DNA上樣量是條帶清晰的保證。Marker應該選擇在目標片段大小附近的梯帶較密的,這樣比對才準確。另外注意的是,Marker的電泳條件也要符合DNA電泳的操作標準: 如果選擇λDNA/EcoR I的酶切marker,需要預先65℃加熱5min,冰上冷卻后使用。從而避免Hind Ⅲ或EcoR I酶切造成的粘性接頭導致的片段連接不規則或條帶信號弱等現象。
凝膠不平整:梳子不干凈有污染,加樣孔不平整也會影響圖的效果;
電泳條件:電壓不穩,電泳時間不超過1h。電壓過高,會導致小片段跑出膠,出現條帶缺失現象。
緩沖液:TBE的緩沖能力更強,如果緩沖液緩沖性能下降,會導致DNA電泳條帶模糊,不規則遷移等。TAE建議換成TBE效果更好。另外建議配膠時的緩沖液和電泳緩沖液是同時配制。
染色劑:GelRed(312nm激發UV成像)無毒,性價比高,靈敏度比傳統EB高10倍以上,注意觀察凝膠時應根據染料不同,使用合適的光源和激發波長,如果激發波長不對,條帶出現模糊等情況。
2、 GelRed / GelGreen安全性如何?
GelRed/ GelGreen經過埃姆斯AMS和相關測試,已經被證明是替代EB和SYBR染料更為安全的產品。不過,請使用這些試劑時,也要遵循實驗室安全條例等。
3、GelRed / GelGreen的結合機制是什么?
GelRed/ GelGreen作用原理通過靜電及電荷相互作用的結合。
4、GelRed / GelGreen檢測下限是什么?
GelRed/ GelGreen是超敏感的染料。有些用戶反饋可以檢測含量<0.1ng的DNA。然而,染色的靈敏度取決于儀器的性能和曝光設置等。
5、為什么有GelRed和GelGreen兩種溶劑(二甲基亞砜DMSO和水)?在DMSO和水中的染料是否存在差異?
水溶解的產品與儲存在DMSO中的產品比較,是一個全新的改良。由于DMSO會被皮膚吸收,我們建議染料溶于水,以避免處理二甲基亞砜存在的潛在危害。鑒于有些用戶不希望改變實驗方案,我們將繼續提供儲存在DMSO的染料。經過內部測試,兩種溶劑方案的效果相似。
6、可以重新融化GelRed / GelGreen凝膠,再制備嗎?
是的,但最好再添加一些染料,保證重新制備凝膠的信號強度。
7、可以提前制作GelRed / GelGreen凝膠,儲存供以后使用嗎?
GelRed和GelGreen染料是穩定的。在保證瓊脂糖凝膠的完整性不會被破壞的前提下,你可以將預制的GelRed / GelGreen凝膠儲存供以后使用。我們建議在4℃避光貯存凝膠。
8、用那些儀器檢測GelRed和GelGreen?
GelRed完美兼容標準(302或312nm)紫外透射成像儀。
GelGreen的吸光度在250-300 nm和吸收峰在500納米左右。GelGreen兼容254 nm的紫外透射或可見光激發的凝膠成像儀,如Dark Reader或488 nm凝膠激光掃描儀。
9、GelRed和GelGreen可以用來染色單鏈DNA或RNA嗎?
GelRed和GelGreen可用于單鏈DNA和RNA的染色,但GelRed染單鏈核酸效果比GelGreen敏感5倍左右。使用熒光酶標儀的滴定實驗表明,GelRed綁定單鏈DNA和RNA熒光信號約是結合雙鏈DNA的一半左右。